截至2026年4月27日，医学部正在运行的校级科研机构共18个，分别如下：

实体科研机构（3个）

吉林大学健康研究院

再生医学科学研究所

组合化学与创新药物研究中心

非实体科研机构（15个）

肿瘤免疫实验室

吉林省呼吸病研究所

吉林省心血管病研究所

吉林省骨科研究所

吉林省外科研究所

耳鼻喉头颈外科研究中心

吉林省放射介入研究所

吉林省乳腺疾病研究所

吉林省肾脏移植与血液净化研究中心

吉林大学艾滋病与病毒研究所

吉林大学卫生应急研究中心

吉林大学天然药物研究中心

吉林大学转化医学研究院

吉林大学肿瘤研究所

吉林大学医工协同创新研究院