截至2022年12月31日，医学部正在运行的校级科研机构共24个，分别如下：

实体科研机构（4个）

吉林大学健康研究院

再生医学科学研究所

组合化学与创新药物研究中心

吉林大学前列腺疾病防治中心

非实体科研机构（20个）

肿瘤免疫实验室

吉林省呼吸病研究所

吉林省心血管病研究所

吉林省骨科研究所

吉林省外科研究所

耳鼻喉头颈外科研究中心

吉林省放射介入研究所

吉林省乳腺疾病研究所

吉林省肾脏移植与血液净化研究中心

吉林大学艾滋病与病毒研究所

吉林大学免疫学研究所

吉林大学卫生应急研究中心

吉林大学天然药物研究中心

表观遗传医药研究所

吉林大学转化医学研究院

吉林大学智能医疗研究中心

吉林大学肿瘤研究所

吉林大学医工协同创新研究院

吉林大学肿瘤系统生物学实验室

吉林大学人与动物共有医学研究院