截至2025年3月，医学部正在运行的国家级科研机构共17个，分别如下：

国家地方联合工程实验室（1）

人类疾病动物模型国家地方联合工程实验室

国家国际科技合作基地（国际联合研究中心）（1）

表观遗传药物与人类疾病动物模型国际联合研究中心

全国重点实验室（1）

人畜共患传染病重症诊治全国重点实验室

“一带一路”联合实验室（1）

中国－新加坡肝脏病学研究“一带一路”联合实验室

教育部重点实验室（2）

病理生物学教育部重点实验室

器官再造与移植教育部重点实验室

国际合作联合实验室（1）

东北亚老龄主动应对与仿生健康国际合作联合实验室

基础研究创新中心（1）

北方寒区气道疾病医药基础研究创新中心

行业部委开放研究/重点实验室（9）

国家中医药管理局分子生物学Ⅲ级实验室

国家中医药管理局中药化学Ⅲ级实验室

国家中医药管理局中药药代动力学Ⅲ级实验室

国家中医药管理局中药生物工程Ⅲ级实验室

国家中医药管理局中药药理Ⅲ级实验室

国家中医药管理局免疫与分子生物学Ⅲ级实验室

国家中医药管理局肿瘤细胞生物学Ⅲ级实验室

国家卫生健康委员会放射生物学重点实验室

国家药品监督管理局疫苗与细胞治疗产品人源化动物模型评价重点实验室