截至2022年12月31日，医学部正在运行的国家级科研机构共12个，分别如下：

国家地方联合工程实验室（1）

人类疾病动物模型国家地方联合工程实验室

国家国际科技合作基地（国际联合研究中心）（1）

表观遗传药物与人类疾病动物模型国际联合研究中心

教育部重点实验室（2）

病理生物学教育部重点实验室

器官再造与移植教育部重点实验室

行业部委开放研究/重点实验室（8）

国家中医药管理局分子生物学Ⅲ级实验室

国家中医药管理局中药化学Ⅲ级实验室

国家中医药管理局中药药代动力学Ⅲ级实验室

国家中医药管理局中药生物工程Ⅲ级实验室

国家中医药管理局中药药理Ⅲ级实验室

国家中医药管理局免疫与分子生物学Ⅲ级实验室

国家中医药管理局肿瘤细胞生物学Ⅲ级实验室

国家卫生健康委员会放射生物学重点实验室