“十二五”以来，医学科研和学科建设工作取得了一定进步。目前，医学部拥有国家级重点学科（二级）1个，省级重点学科（一级）5个，教育部重点实验室1个，卫生部重点实验室1个，国家中医药管理局三级实验室7个，省厅级重点实验室和工程中心54个。“985工程”创新平台2个，“211工程”三期建设项目2项。有3个科研团队入选教育部创新团队，有11人被评为教育部新世纪优秀人才。
2008年以来，医学部先后承担国家重大科学研究计划项目、国家支撑计划项目、863项目、国家自然科学基金项目等国家级科研项目350余项。荣获国家科技进步奖二等奖2项，高等学校科技奖2项，中华医学科技奖5项，吉林省科技进步奖（二等奖以上）63项。以第一署名单位发表SCI收录论文900余篇，其中2011年在《自然》（Nature）上发表了题为《T-cell differentiation factor CBF-β regulates HIV-1Vif-mediated evasion of host restriction》的文章。